在一片森林深处隐藏着一座昏暗的实验室里，几十个巨大的容器中装满了绿色的液体，各种仪器上的数据不停变动着，里面装满了各种插满试管的稀有神奇宝贝。
一位身穿白大褂戴着眼镜的中年男人看着眼前电脑的数据双眼疯狂而又炽热的开口：“太好了，实验很成功，数据也非常稳定，还差一点点就可以制造出不输于传说神奇宝贝威力的神奇宝贝军团，到时候整个世界都会归我支配。”
突然“砰”的一声，不远处传来了爆炸声，电力全部中断，各项实验仪器也停止了运作。
“到此为止了，楠木博士，我不会再让你继续干这些伤天害理的事”一位戴着鸭舌帽，肩上站着皮卡丘的少年闯进了实验室说道。
“你是谁？”
楠木看到面前阻止自己的少年随即说道“原来你就是传说中的世界冠军，真是难得一见，不过今天你们阻止不了我的，我拥有最顶尖的智慧以及高超的技术，不如你我联手一起支配神奇宝贝世界如何，让我们把这个世界迈向新纪元.“小智，别和这个老头废话，先把神奇宝贝救出来再说”随后闯进来的小霞对小智说道小智皱着眉头说道“小霞，你怎么进来了，我不是让你在外面等我吗，这里这么危险”“人家不是担心你嘛，放心我己经通知渡先生和联盟了”小霞笑嘻嘻地说道“竟然还喊了人，我才不会让你们得逞”楠木随即召唤出自己的神奇宝贝“鸭嘴火龙，大字爆”“黑鲁加，火焰旋涡”“皮卡丘，十万伏特”“美纳斯，水炮”“皮卡丘”皮卡丘靠着自己敏捷的速度在一一躲过敌人的进攻之后，随即一发强大的电力配合美纳斯的水炮打败了在场的神奇宝贝。
“很好，皮卡丘趁机用铁尾将那些容器都打破”“皮卡”皮卡丘尾巴发光，连发铁尾轻易就把容器全部敲碎。
“博士，这里己经被联盟的人发现了，我们的人大部分己经被他们的喷火龙，甲贺忍蛙，水伊布给拦住了，你不能再留在这里了，我们快逃吧”匆匆赶来的手下劝阻着博士说道。
“双弹瓦斯，使用烟雾”手下趁机护送楠木博士前往飞船方向准备离开。
“站住，别想跑!”小智和小霞冲出烟雾，抓紧跟了上去。
当他们追上的时候，对方己经坐上了飞船准备离开。
“可恶，你们别想逃”小智一个飞跃抱住了飞船的起落架。
“小智，危险”皮卡丘和小霞随即跳了上去。
美纳斯由于落后一步没有跟上。
“小霞，你们怎么跟上来了”“我不可能让你一个人啊”两人费劲千辛万苦爬上了飞船“这下你们逃不掉了”“你们为什么要阻拦我呢，既然我不好过，那我也不会让你们好过”博士突然露出疯狂般的大笑，脱下外衣，露出了裹在身上的炸弹，随后疯狂的按下操控室的工色按钮，然后冰冷的机械音传来“飞弹准备发射，倒计时10,9,8”小智大喊道“你疯了，你这样你那些手下也会死的”楠木疯狂大笑道“哈哈哈，既然我逃不过就拉你们陪葬，他们能和我一起死是荣幸”小霞怒道：“真是个疯子”“小霞，我们快跑”小智立即拉起小霞的手往飞船外边跑去，楠木的声音从后面传来“来不及了，一起陪葬吧，哈哈哈”“小智，你和皮卡丘要好好活下去，下辈子不要这么木头了”就在那倒计时几秒的时候，小霞看见那个疯子面露癫狂之色，即将引爆绑缚在其身上的致命炸弹的瞬间，小霞当机立断用力挣脱小智的手，一把将小智和皮卡丘用力地推出飞船之外。
几乎在同一瞬间，小霞将小智他们推出飞船外的时候，飞弹倒计时结束，飞船内部发生连串猛烈的爆炸，火光冲天而起，伴随着震耳欲聋的巨响，整艘飞船瞬间被熊熊烈焰所吞噬，化作一片废墟。
“小霞，不要啊”亲眼目睹这一幕惨剧的小霞，心如刀绞，悲痛欲绝地发出了撕心裂肺的呼喊声。
而此时喷火龙似乎感应到了什么，毫不迟疑地摆脱了纠缠不休的敌人，振翅高飞，迅速冲向正在急速坠落的小智。
终于，在最后关头，喷火龙成功地接住了小智。
小智呆呆地坐在喷火龙的背上，目光空洞无神地望着那片己然沦为火海的飞船残骸。
此刻他的心就像被硬生生地挖走一大块，那种疼痛难以言喻，他此刻终于明白了自己对小霞的感情，可是一切都来不及了。
泪水不受控制的从眼眶中涌出，顺着脸颊滑落，滴落在喷火龙坚硬的鳞片上，一旁的皮卡丘同样也是也是泪流满面，小小的身躯因为悲伤而不停地颤抖着。
此时赶到的渡以及联盟众人看见在喷火龙背上哭的起劲的小智和皮卡丘以及半空中还在起火的飞船残骸，明白一切都结束了，他们晚到了一步。
“小霞，对不起，是我没有保护好你”小智一边抽泣一边用沙哑的嗓音艰难地喊着，眼前依然闪过和小霞的点点滴滴以及飞船爆炸的最后时刻将自己推出飞船的画面，小智骤然心痛难忍“哇”地一声吐出了血。
“真是痴儿啊，这世界己经乱了”一道空灵的声音响起，阿尔宙斯出现在众人眼前。
它看了看悲痛的小智，眼神中带着一丝悲悯。
“小智，你本不该承受此等痛苦，这个世界的命运线己被打乱。”
阿尔宙斯缓缓说道。
小智抬起头，眼中满是仇恨，“都是那个楠木博士，如果不是他，小霞不会死。”
阿尔宙斯摇了摇头，“我可以给你一次机会，将你送回过去，改变这一切。”
小智愣住了，随后眼神中燃起希望，“真的吗？”
阿尔宙斯轻轻点头，光芒一闪，小智消失在了原地。
阿尔宙斯在半空喃喃自语道“希望我这一刻的决定不会有错，少年，改变世界靠你了”
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